Vanaf Baikonur is de eerste satelliet in een baan om de aarde gebracht en waar Yuri Gagarin, de eerste mens in de ruimte, naar de ruimte is gelanceerd met de historische Vostok 1 vlucht in 1961. Recentelijk zijn ook de ESA astronauten Claudie Haigneré in oktober 2001, Roberto Vittori in 2002 en André Kuipers in 2004 vanaf deze basis naar het ruimtestation ISS gebracht.

Het kostte de bouwers twee jaar om deze basis te bouwen en moest de nabij gelegen stad Leninsk extra huizen, scholen en faciliteiten bouwen om de duizenden arbeiders onder te brengen. Baikonur is de naam van een klein stadje ongeveer 350 km van de basis vandaan en kreeg die naam toen Yuri Gagarin zijn historische ruimtevlucht had gemaakt. In 1990 hernoemde voormalige president Boris Yeltsin de stad Leninsk in Baikonur.

Baikonur wordt gebruikt voor de lancering van alle Russische bemande ruimtevluchten, maan verkenning en geostationaire satellieten. Sinds 1993 huurt Rusland Baikonur van Kazakstan.